События игры Arkham City начинается приблизительно через один год после событий Arkham Asylum. Квинси Шарп, главный надзиратель психиатрической лечебницы Аркхэма, получил огромную популярность за поимку Джокера и двигаясь на волне популярность он становится мэром Готэма. Аркхэм и тюрьма Блекгейт не могли содержать заключенных так как после веселухи Джокера здания находились в плачевном состоянии, новому меру Готэма приходит замечательный план, откупить огромный участок трущоб, и создал там новую тюрьму под названием Аркхэм-Сити, а по всему периметру ставит кучу наемников из отряда "Тигр", и отдал им приказ стрелять в любого кто попробует перебраться за периметр. В Аркхэм-Сити преступники могут делать, что душе угодно, кроме попытки перебраться через ограду. Для надзора за Arkham City мэр Шарп нанимает на этот пост психиатра-садиста Хьюго Стрейнджа. Многие жители в городе были недовольны таким развитием ситуации, в том числе и наш протагонист, Брюс Уэйн. Бэтмен, ожидая неминуемой беды, приходится постоянно следить за безопасностью в новоиспеченный тюрьме.
Все начинается со спасения Женщины-кошки от Харви Дента или в простонародье Двуликого, которую должны были публично казнить, чтобы поднять свой авторитет среди заключенных Arkham City.
По новому ролику можно предположить, что Джокеро не полностью оправился от яда Титан, и за ним ухаживает Харли Квинн, а Готэм все больше погружается в анархию.
Женщине-кошке, будет посвящено 10 процентов игрового времени.
Основная сюжетная линия Batman Arkham City продлится приблизительно 25 часов реального времени, общая около 40 часов.
