В 2148 году на Марсе был найден артефакт давно вымершей расы, Протеан. С помощью артефакта люди нашли ретранслятор, благодаря которому стали возможны межзвездные перелеты. Это дало землянам огромный технологический скачок. С того времени прошло почти сорок лет.
Джон Шепард переводится на экспериментальный корабль, для секретной миссии на отдаленной земной колонии, Иден Прайм. Цель миссии, доставить на Землю полностью работоспособный маяк Протеан, что сулит еще одним технологическим прорывом. В состав команды входит турианец Найлус, цель которого оценить Шепарда и решить достоин ли он вступить в отряд СПЕКТРОВ, членом которого является Найлус. Спектры, агенты которые поддерживают мир в галактике любыми средствами и подчиняются на прямую совету Цитадели.
Неожиданно, с Иден Прайм приходит сигнал бедствия, в котором сообщается о нападении на колонию, на видео видно приземление огромного, жуткого корабля неизвестного происхождения. На планет Шепард и его группа, вступает в бой с гетами, синтетической расой которую не видели более 300 лет. Сквозь ожесточенные бои с гетами, Шепард прорывается к Протеанскому маяку. При приближении к маяку он неожиданно активируется и посылает сообщение в мозг Шепарда. Чтобы выяснить, что за сообщение было записано на маяке и предотвратить возвращение ужасной расы разумных машин, Шепарду придется пройти через множество испытаний.
