Весной 2012 года ночью, во время сильного ливня, в районе Кордона разбивается "Грузовик смерти", единственным выжившим оказывается неизвестный сталкер, в кпк которого единственная запись "Убить Стрелка". Его решают отнести к местному торговцу Сидоровичу. Тот помогает бедолаге прийти в себя и немного оклематься, но само собой не бесплатно. Меркантильная сволочь. За помощь в поисках Стрелка и спасение жизни, Сидорович просит доставить ему секретные документы в Нии Агропром. В документа есть упоминание о лаборатории X18. Бармен, который также и хозяин бара "100 Рентген" плюс ко всему крупный торговец, предполагает, что лаборатория может находится в Темной долине.
Меченый, так сталкера прозвал Сидорович из-за татуировки, проникает в лабораторию и находит секретные документы из которых узнаёт, что Выжигатель не аномалия, а устройство, построенное людьми. Из этих же документов выясняется местоположение еще одной лаборатории, X-16 которая находится рядом с озером Янтарь, в которой находится прибор, которая имеет те же свойства, что и Выжигатель. Меченый направляется к учёным, которые располагаются в укрепленном бункере на высохшем озере. От ученых Меченый узнает о гибели Призрака, одного из друзей Стрелка, в лаборатории X-16, и получает экспериментальное приспособление для защиты от пси-излучения. С её помощью он смог защитится от излучения Выжигателя и проникнуть в лабораторию X-16 и отключить экспериментальный излучатель в ней. Найденные в X-16 документы, сталкер относит Бармену, тот в свою очередь просит Меченного отключить выжигатель, который находится в Лаборатории Х-10. С боями, он прорывается сквозь ряды монолитовцев которые охраняют бункер под антеннами Выжигателя, и с успехом его отключает. Проход к центру Зоны свободен.
Множество сталкеров, прознав что выжигаль больше не опасен, двинулись к ЧАЭС. Между «Долгом» и «Свободой» противостояние разгорелось с новой силой, за контроль над новыми территориями. Однако и тем и другим, сначало надо было разобраться с бойцами «Монолита». Военные то же тут как тут, начали высаживать спецназ на открывшихся территориях. И военные и сталкеры ветераны, начали, независимо друг от друга, начали штурм Припяти. Военные начинают подтягивать бронетехнику и вертолеты, чтобы закрепится на территории рядом с Чаэс. Однако кроме бойцов «Монолита», военные столкнулись аномалиями, а в уже ближе к завершению операции произошел мощный выброс, в результате операция оканчивается неудачно.
В то же время Меченый, который узнает что он и есть Стрелок, проникает под саркофаг станции до выброса, где находился знаменитый Исполнитель желаний или, как его называют монолитовцы, Монолит. Стрелок вызывает ломает установку, что в свою очередь привлекает внимание «О-Сознания». Один из членов О-Сознания, появляется в виде голограммы, и рассказывает Стрелку, о том как возникла Зона, и предлагает присоединится к ним. Стрелок и начинается продолжительный бой с бесконечными отрядами монолитовцев. После чего он находит убежище «О-Сознания» и уничтожает их.
