Assassins Creed Brotherhood является прямым продолжением первых двух частей серии.
40-летний Эцио Аудиторе да Фиренце заслужил непререкаемый авторитет и получил высокое положение в братстве ассасинов.
После мести убийцам братьев и отца, он уехал из Рим и поселился в своей вилле где и наслаждается заслуженным отдыхом. Действие игры начинается в 1499 году. Как мы помним Эцио пощадил Родриго Борджия, и тот со своим сыном начинает мстить семье Аудиторе. Фамильная резиденция рода Аудиторе Монтериджони в осаде. Осаду виллу сын Родриго Чезаре Борджиа. В в сражении гибнет дядя Эцио, Марио.
Далее действие игры переносится в 1503, где Эцио занимает место главы ордена и готовит новых рекрутов для уничтожения клана Борджия.
В нашем времени Дезмонд,и остальные члены современного ордена ассасинов прибывают в Монтериджони. В подземных туннелях под виллой они должны отыскать "частицу эдема" и предотвратить надвигающуюся катастрофу.
Основные события Assassins Creed Brotherhood в основном развиваются в Риме XVI века, но так же действие периодически переносится в наше в время, где главным героем уже становится Дезмонд Майлс, проходящий ускоренный курс ассасинства на машины называемой "Анимус 2.0", позволяющей проникнуть в генетическую память Дезмонда, и прожить некоторые эпизоды жизни предков. Главный герой прошлого далекий предок Дезмонда - Эцио Аудиторе да Фиренце, является лидеров, а так же наставник ордена ассасинов. Главными врагами ассасинов — были представители Борджиа, чья власть позволяет полностью контролировать политический аспект жизни Рима.
По сравнению с предшествующей Assassins Creed, боевая система не претерпела серьёзных изменений. Из слов разработчиков, следует, что динамика боя стала более динамичной и наступательной. NPC стали более агрессивные, нападаю одновременно. На лошади теперь можно ездить и по городу. Оружия в Assassins Creed Brotherhood тоже стало заметно больше и разнообразней.
